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labase:medecine-autonome:notes-covid

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labase:medecine-autonome:notes-covid [2020/05/23 18:38]
tangui [21 mai]
labase:medecine-autonome:notes-covid [2020/11/03 11:04] (Version actuelle)
geronimo [Octobre]
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   * [[+tab|https://lebib.org/wiki/doku.php?id=labase:medecine-autonome:covid19|la page COVID19]]   * [[+tab|https://lebib.org/wiki/doku.php?id=labase:medecine-autonome:covid19|la page COVID19]]
-  * [[+tab|https://meet.jit.si/BIB-LABASE-COVID19|Visio]] de 14h à 15h quotidienne+  * [[+tab|https://meet.jit.si/BIB-LABASE-COVID19|Visio]] de 14h à 15h quotidienne - Depuis le 11 mai nous nous retrouvons les après-midi à partir de 14h au BIB (La Tendresse) pour réaliser des ateliers
   * [[+tab|https://www.zotero.org/groups/2462558/bib/collections/8P6FUYXK|biblio partagée sur Zotero]]   * [[+tab|https://www.zotero.org/groups/2462558/bib/collections/8P6FUYXK|biblio partagée sur Zotero]]
   * [[+tab|https://framagit.org/bib/labase/exp-rimentations|Documentation partagée sur FramaGit]]   * [[+tab|https://framagit.org/bib/labase/exp-rimentations|Documentation partagée sur FramaGit]]
  
 +===== Vidéos tutoriels =====
  
 +2 vidéos et modes d'emploi (protocoles) pour reproduire, comprendre, améliorer, tester soi-même DIY Test@Filtre :
  
 +  * [[+tab|https://youtu.be/9T8CL6yV5iU|Vidéo explicative du montage DIY Test@Filtre]]
 +  * [[+tab|https://youtu.be/km8is-onO1w|Vidéo explicative des manipulations pour DIY Test@Filtre (protocole et mode d'emploi]]
  
 +===== Octobre =====
  
 +En cours :
 +  * Finalisation de la partie microbio et virologie de l'article.
 +  * Mise en marche de la rédaction de la partie socio-technique, notamment par la comparaison de l'initiative de la quotidienne COVID de LABASE et du DIY Test@Filtre avec les autres initiatives prises (hackaton, fab-lab, makeurs, etc) durant la crise. Puis par l'analyse des notes (**sur cette page même**) effectuées durant l'ensemble de l'initiative collective, afin de tenter de définir une grille d'analyse à propos de la recherche d'autonomie.
 +  * Organisation d'un atelier Test@Filtre dans le cadre de l'université d'automne du BIB (**28 octobre** -- annulées pour cause de deuxième confinement)
 +  * ...
 +
 +===== Septembre =====
 +
 +Ce qu'on a fait :
 +  * Traitement et analyses des données récoltées lors des tests.
 +  * Représentation au travers de diagrammes.
 +  * Approfondissement et vérifications des données, réalisation de nouveaux tests pour déterminer les conditions de test et des protocoles. Par exemple le débit, la pression, la respirabilité.
 +  * Début de la finalisation de l'écriture de l'article côté microbio/virologie. Première ébauche des idées pour la partie socio-technique de l'article.
 +
 +
 +  - Travail réalisé notamment à LABASE, au labo, à distance grâce à Jitsi, ainsi qu'au cloud du BIB (espace de stockage et partage)
 +===== Août =====
 +
 +C'est plus calme, on avance doucement.
 +===== 29 juillet =====
 +Présent-e-s : Géro, Jeanne, Erwan, Tangui, Antonin (via visio)
 +
 +  * Nous nous retrouvons d'abord pour finir les vidéos DIY et modes d'emploi.
 +  * Puis pour effectuer une visio, afin de déterminer le travail restant pour construire un papier scientifique complet : microbiologie, sociologie, usages et design. Au travers des différents annexes, données, statistiques, figures, démarches, valeurs, supports, etc.
 +  * La publication devrait se faire courant août ! **Mais vous pouvez déjà venir à LABASE pour tester vos masques, filtres et pirouettes !**
 +===== 28 juillet =====
 +Présent-e-s : Géro, Jeanne, Erwan, Tangui
 +
 +  * Nous nous sommes retrouvés aujourd'hui pour tenter de clore un chapitre DIY Test@Filtre. C'est à dire atteindre une certaine qualité et quantité de données, pour pouvoir se prononcer et donner du pouvoir d'agir aux individus et communautés. Publier un papier scientifique et un mode d'emploi pour sa reproductibilité, notamment au travers des communautés biohackers (et intéressés).
 +  * Nous avons donc fait des manipulations sur des essuies tout et assemblages.
 +  * Nous avons également tourné des vidéos pour expliquer le montage et les manipulations en lien avec l'atelier DIY Test@Filtre. Elles arrivent prochainement !!!
 +===== 15 et 17 juillet =====
 +Présent-e-s : Tangui
 +
 +  * Entre le 15 et le 17 juillet, **nous avons testé des filtres qui ont été au préalable lavé, autoclavé, repassé, utilisé puis lavé**. Bref, nous voulions également avoir des données et informations sur les filtres que l'on trouve partout (grande distribution, artisanat ou masques des villes) et qui pourraient être réutilisable, donc lavé.
 +  * Nous avons donc testé Wax et coton (t-shirt et torchon) lavés/autoclavés ; ainsi que les différents masques proposés par les collectivités ou institutions.
 +  * **Sinon pour ceux qui n'ont pas encore une idée claire de notre système (nébulisation). Voici [[+tab|https://framagit.org/bib/labase/exp-rimentations/-/tree/master/COVID19/MASKS%20Testings/DIY%20TEST@FILTRE_Atelier%20COVID-19/07-17|des vidéos courtes qui vous montre notre DIY Test@Filtre]]**.
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 +{{:labase:medecine-autonome:img_9365.jpg?200|}}  {{:labase:medecine-autonome:img_9363.jpg?200|}}
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 +===== 13 juillet =====
 +Présent-e-s : Tangui
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 +  * Le 9 juillet, nous avons réalisé une série de test sur les lingettes dépoussiérantes (' marques différentes) mais il y a eu un problème avec le contrôle positif, qui ne présentait pas suffisamment de colonies de bactéries pour garder les résultats comme fiables. Nous les avons donc reproduits le lendemain !
 +  * Aujourd'hui par contre nous avons testé encore une fois **les essuies tout qui se révèle de plus en plus comme les meilleurs candidats**, notamment avec l'assemblage 2 couches de coton et 1 couches de sopalin entre les deux.
 +
 +{{:labase:medecine-autonome:img_9305.jpg?200|}}
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 +===== 08 juillet =====
 +Présent-e-s : Tangui, Antonin
 +
 +  * Aujourd'hui, nous avons fait une série de test sur l'essuie tout (sopalin de 3 marques différentes) et notamment assemblé avec de la wax.
 +  * Les manipulations commencent à devenir des routines, nous sommes roder. 
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 +{{:labase:medecine-autonome:img_9278.jpg?150|}} {{:labase:medecine-autonome:img_9279.jpg?150|}}
 +{{:labase:medecine-autonome:img_9280.jpg?150|}}
 +===== 07 juillet =====
 +Présent-e-s : Tangui, Antonin
 +
 +  * On continue de multiplier les tests de filtres, de matières, d'assemblages pour obtenir des données, le cahier de manipulations commence à se remplir. Nous avons d'ailleurs créer un fichier framacalc collaboratif pour y noter nos résultats. 
 +  * Aujourd'hui, nous avons testé les **tissus Wax et leurs assemblages**.
 +  * Les jours précédents (**début juillet**), nous avons testé : Blouse chirurgical, de nombreuses marques et références de sacs aspirateurs, des assemblages d’essuie tout et/ou de lingettes.
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 +{{:labase:medecine-autonome:img_9261.jpg?150|}} {{:labase:medecine-autonome:img_9262.jpg?150|}}
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 +{{:labase:medecine-autonome:img_9265.jpg?150|}} {{:labase:medecine-autonome:img_9267.jpg?150|}}
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 +===== 26 et 27 juin =====
 +Présent-e-s : Géro et Antonin
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 +  * Le 26 : Les tests ont porté sur 3 marques de lingettes, swiffer, apta et logis bleu (on avait pas assez de boîte de pétri pour en faire 4). Chaque lingette a été plié en 2 (le tissu paraissait vraiment trop fin). Nous avons utilisé un nouveau tube d'E.coli. Incubation à 37°C over night. [[+tab|https://framagit.org/bib/labase/exp-rimentations/-/tree/master/COVID19/MASKS%20Testings/DIY%20TEST%40FILTRE_Atelier%20COVID-19/Test%20Filtre%20-%20Marques%20lingettes|Documentation]].
 +  * Le 27 : Observation, comptage (cf [[+tab|https://lite.framacalc.org/9hiz-testfiltre_resultats|tableur collaboratif]] ou [[+tab|https://framagit.org/bib/labase/exp-rimentations/-/tree/master/COVID19/MASKS%20Testings/DIY%20TEST%40FILTRE_Atelier%20COVID-19|fichier sur framagit]] avec la documentation par dates et filtres testés) et photos des boîtes. Elles ont été stockés au frigo pour le WE.
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 +**PS** : Un carnet de labo a été laissé pour noter les remarques, observations, les manipulations et les résultats (carnet bleu OM)
 +===== 18 juin =====
 +Présent-e-s : Géro, Jeanne, Erwan, Tangui
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 +  * Ce jour nous avons analyser, documenter et compter les boites de pétri des résultats du 17-06. 
 +  * Nous avons également fait une série de test de l'efficacité et de la comparaison de différentes marques de sopalin (Apta, Okay, Lotus et autres).
 +  * {{:labase:medecine-autonome:2020-06-18_img_9158.jpg?150|}} {{:labase:medecine-autonome:2020-06-18_img_9167.jpg?150|}}{{:labase:medecine-autonome:2020-06-18_img_9173.jpg?150|}}
 +===== 17 juin =====
 +Présent-e-s : Géro, Jeanne, Erwan, Tangui
 +
 +  * Analyse des résultats du 16-06, ce qui nous permet d'affiner encore notre protocole de test et de manipulation. Notre méthode nous permet maintenant d’engranger des données utilisables scientifiquement.
 +  * Réalisation d'une série de manipulation de test en fonction de notre protocole, pour tester l'efficacité des masques fournis par les villes, les agglomérations, les collectivités, les lieux de travail ; et les comparer entre eux. Masques testés : SNCF, CEFFE(travail), Montpellier, St Jean de Védas et autres.
 +  * Nous réfléchissons également à acheter ou nous procurer entre 5 et 10 entonnoirs pour simplifier et améliorer la justesse de notre dispositif TEST@Filtre.
 +===== 16 juin =====
 +Présent-e-s : Jeanne, Tangui
 +
 +
 +Aujourd'hui nous avons commencé par lister les filtres que nous voulons tester (nous devons donc nous en procurer) :
 +  - Sacs aspirateur : 95% (x2 ou 3 marques) et 99% (x2 ou 3 marques)
 +  - Masques des villes & co : St Jean de Védas, Montpellier, SNCF, CEFFE, travail, autres
 +  - Lingettes dépoussiérantes : Carrefour, Swiffer, Domedia, autres
 +  - Sopalin : Okay, Lotus, Apta, autres
 +  - Masques chirurgicales : Aotoclavé 0 fois, 1, 2, 3 fois
 +  - Tissu commun : sergé, bandana, t-shirt ou chaussette, wax
 +  - Polypropylène
 +  - Masque structure en tissu avec une 3ème couche de filtre
 +  - et ...
 +  
 +  * Nous avons ensuite effectué un test pour vérifier que notre dispositif n'était pas contaminant. Pour cela nous avons tester plusieurs filtres dont l'efficacité est inconnue. A chaque fois nous avons intercalé un filtre chirurgical.
 +  * Préparation des manipulations des prochains jours.
 +  * {{:labase:medecine-autonome:2020-06-16_img_9152.jpg?150|}} {{:labase:medecine-autonome:2020-06-16_img_9150.jpg?150|}} {{:labase:medecine-autonome:2020-06-16_img_9148.jpg?150|}}
 +
 +===== 10 juin =====
 +Présent-e-s : Jeanne, Tangui
 +
 +  * Aujourd'hui nous commençons par l'analyse, la [[+tab|https://framagit.org/bib/labase/exp-rimentations/-/tree/master/COVID19/MASKS%20Testings/DIY%20TEST%40FILTRE_Atelier%20COVID-19/06-10|documentation]] par photographie et comptage des résultats de la veille qui montre que le masque chirurgical autoclavé perd de sa qualité filtrante, idem pour le filtre d'aspirateur. Que les lingettes dépoussiérantes filtrent visiblement mieux que le filtre d'aspirateur (sachant que le filtre d'aspirateur filtre largement mieux que le sopalin) mais toujours moins bien que le filtre chirurgical, c'est bien logique.
 +  * Nous lançons une série de test pour éprouver à nouveau les lingettes dépoussiérantes et le masque de la ville-agglo de Montpellier (très épais) rapporter par Erwan en comparaison avec le filtre chirurgical (comme le protocole habituel).
 +  * Malheureusement nous avons dû faire une erreur de manipulation lors du coulage de la gélose dans les boîtes de pétri, elles ne se figent pas et se déchirent. Il est donc possible que les résultats soient troublants, biaisés. 
 +
 +{{:labase:medecine-autonome:2020-06-10_img_9131.jpg?150|}} {{:labase:medecine-autonome:2020-06-10_img_9136.jpg?150|}} {{:labase:medecine-autonome:2020-06-10_img_9140.jpg?150|}}
 +===== 09 juin =====
 +Présent-e-s : Géro, Jeanne, Tangui
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 +  * Analyse et Documentation des résultats des tests de la veille sur le framagit.
 +  * Réalisation d'une observation au microscope + une coloration de GRAM pour déterminer, identifier la présence de bactéries "différentes"
 +  * Tests du jour afin de comparer filtre chirurgical avec filtre chirurgical autoclavé (stérilisé), avec un filtre d'aspirateur autoclavé, avec une double couche de lingette dépoussiérante Carrefour.
 +
 +  * {{:labase:medecine-autonome:2020-06-09_img_9123.jpg?150|}} {{:labase:medecine-autonome:2020-06-09_img_9120.jpg?150|}} {{:labase:medecine-autonome:2020-06-09_img_9126.jpg?150|}}
 +  * {{:labase:medecine-autonome:2020-06-09_img_9107.jpg?150|}} {{:labase:medecine-autonome:2020-06-09_img_9111.jpg?150|}} {{:labase:medecine-autonome:2020-06-09_img_9114.jpg?150|}}
 +===== 08 juin =====
 +Présent-e-s : Géro, Tangui
 +
 +  * Aujourd'hui nous effectuons le comptage "à la main" ou "à l'oeil", grâce à un marqueur. Géro propose d'utiliser, au passage, un logiciel de comptage à partir d'image : [[+tab|https://imagej.net/Welcome|ImageJ]].
 +  * Nous analysons et documentons les résultats des tests de la semaine dernière qui ont été stockés au frigo après 1 journée dans l'étuve (incubateur). Nous avons pu remarqué que la comparaison entre le filtre chirurgical (référence) et la double couche de sopalin, souvent utilisé pour les masques DIY/fait maison, à montré que le sopalin n'est pas un filtre efficace ! On remarque une belle différence par comptage et observation, [[+tab|https://framagit.org/bib/labase/exp-rimentations/-/tree/master/COVID19/MASKS%20Testings/DIY%20TEST%40FILTRE_Atelier%20COVID-19/06-08|Documentation]].
 +  * Puis nous avons lancé une nouvelle série de test afin d'éprouver le filtre d'aspirateur et les masques donnés dans le lieu de travail de Géro.
 +  * Nous discutons de la possibilité de bricoler un second dispositif du DIY Test@Filtre, d'abord pour le documenter (tutoriel), pour le simplifier avec un entonnoir simple et un bocal pour remplacer le buchner/filtre cafetière et le tube falcon. Enfin pour pouvoir augmenter notre capacité de test et de production de données.
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 +  * {{:labase:medecine-autonome:2020-06-08_img_9101.jpg?200|}} {{:labase:medecine-autonome:2020-06-08_img_9102.jpg?200|}}
 +  * {{:labase:medecine-autonome:2020-06-08_img_9091.jpg?200|}} {{:labase:medecine-autonome:2020-06-08_img_9093.jpg?200|}}
 +===== 04 juin =====
 +Présent-e-s : Géro, Tangui
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 +  * [[+tab|https://framagit.org/bib/labase/exp-rimentations/-/tree/master/COVID19/MASKS%20Testings/DIY%20TEST%40FILTRE_Atelier%20COVID-19/06-04|Documentation du jour]]
 +  * Analyse et documentation des résultats du 3 juin par comptage.
 +  * Réalisation d'une série de test avec un protocole stable et aboutie, qui commence à montrer de bons résultats et sur lequel on peut s'appuyer pour produire de la connaissance pour tous.
 +  * Utilisation d'un sopalin, référence provisoire : FoirFouille 199736 Essuie-tout
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 +  * {{:labase:medecine-autonome:2020-06-04_img_9050.jpg?150|}} {{:labase:medecine-autonome:2020-06-04_img_9047.jpg?150|}} {{:labase:medecine-autonome:2020-06-04_img_9046.jpg?150|}}
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 +  * {{:labase:medecine-autonome:2020-06-04_img_9045.jpg?150|}} {{:labase:medecine-autonome:2020-06-04_img_9042.jpg?150|}} {{:labase:medecine-autonome:2020-06-04_img_9037.jpg?150|}}
 +===== 03 juin =====
 +Présent-e-s : Géro, Erwan, Tangui
 +
 +  * Nous avons analysé et documenté les résultats des tests réalisés de la veille, par [[+tab|https://framagit.org/bib/labase/exp-rimentations/-/tree/master/COVID19/MASKS%20Testings/DIY%20TEST%40FILTRE_Atelier%20COVID-19/06-03|comptage]]. Comme il y avait des résultats plus ou moins compréhensibles, nous avons effectué une coloration de GRAM pour définir la bactérie (ou champignons, contaminations, etc).
 +  * Série de test avec NEB100 cette fois-ci (100 µL de culture de bactérie).
 +
 +{{:labase:medecine-autonome:2020-06-03_img_9019.jpg?150|}} {{:labase:medecine-autonome:2020-06-03_img_9020.jpg?150|}} {{:labase:medecine-autonome:2020-06-03_img_9021.jpg?150|}}
 +===== 02 juin =====
 +Présent-e-s : Géro, Jeanne, Tangui
 +
 +  * Aujourd'hui l'objectif est d'éprouver notre protocole, afin de le stabiliser et pouvoir en tirer des données, des résultats utilisables.
 +  * Nous nébulisons donc une solution NEB10 avec 10 mL d'eau (NaCL à 0.9g/L) + 10 µL de culture de bactérie durant 2 minutes après avoir fait un test négatif : Eau + filtre chirurgical et un test référence NEB10 + filtre chirurgical. 
 +  * L'idée est donc de déterminer la bonne concentration pour construire un protocole efficace.
 +  * Nous avons également abandonné l'idée de découper des médaillons de filtres pour les tester. Nous avons choisi de mettre le filtre en capuchon, entier, bloqué par la bouteille, qui recouvre le buchner.
 +  * Nous avons pu aussi visualiser la comparaison d'une solution hydroalcoolique à base d'aloe verra face à la SHA de l'OMS. Les tests seraient à multiplier pour avoir de véritables résultats mais le SHA OMS reste plus efficace, bien que le SHA Aloe Verra est aussi efficace et plus saine pour le microbiote de la peau.
 +
 +{{:labase:medecine-autonome:2020-06-02_img_8998.jpg?200|}} {{:labase:medecine-autonome:2020-06-02_img_9006.jpg?200|}}
 + 
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 +===== 28 mai =====
 +Présent-e-s : Géro, Tangui
 +
 +  * Analyse et documentation des résultats du 27-05
 +  * Résultat du test SHA Aloe Vera, peu concluant dû à l’unique boîte de pétri et à une “contamination” par une forte présence de bactéries des 2 côtés. Donc réalisation d’un nouveau test.
 +  * Réalisation d’une série de test pour déterminer la concentration de colonies de E.coli dans les résultats en fonction de la concentration présente à la base lors de la nébulisation. Afin d’obtenir un pourcentage, nous permettant de visualiser l’efficacité des filtres testés malgré la présence de bactéries ([[+tab|https://framagit.org/bib/labase/exp-rimentations/-/tree/master/COVID19/MASKS%20Testings/DIY%20TEST%40FILTRE_Atelier%20COVID-19/05-28|Documentation]]).
 +
 +  * {{:labase:medecine-autonome:2020-05-28_img_8957.jpg?150|}} {{:labase:medecine-autonome:2020-05-28_img_8953.jpg?150|}}  {{:labase:medecine-autonome:2020-05-28_img_8977.jpg?150|}}
 +===== 27 mai =====
 +Présent-e-s : Géro, Jeanne, Tangui
 +
 +  * Autoclave (300ml LB.Agar ; 12 boîtes de pétri ; 2 pots de H2O ; 1 pot de NaCl 9g/L ; Tube falcon troué ; Buchner/filtre cafetière ; seringue) + autoclave pour le jour suivant.
 +  * Réalisation d’une série de test pour comparer l’efficacité du filtre sopalin avec le filtre chirurgical
 +  * Notre protocole commence a être stabilisé, nous réfléchissons donc à un moyen pour ouvrir le protocole à un public plus large. Rédiger le protocole “labo” + Formuler un protocole pour remplacer les boîtes de pétri avec la solution LB.Agar par un bouillon de légumineuse ou un milieu de culture au sang de boeuf. Proposer un protocole avec une bactérie fluorescente, ce qui faciliterait grandement la visibilisation des résultats.
 +  * Premier test sur boîte de pétri de l’efficacité de la SHA Aloe Vera. Division de la boîte de pétri en 2 :
 +    - à droite, main sale avec des E.coli
 +    - à gauche, main test avec SHA Aloe vera
 +
 +  * {{:labase:medecine-autonome:2020-05-27_img_8937.jpg?200|}}
 +===== 26 mai =====
 +Présent-e-s : Géro, Erwan, Jeanne
 +
 +  * Analyse et documentation des tests négatifs réalisés le 25-05 ([[+tab|https://framagit.org/bib/labase/exp-rimentations/-/tree/master/COVID19/MASKS%20Testings/DIY%20TEST%40FILTRE_Atelier%20COVID-19/05-26|photos]]). Pour déterminer la quantité idéale à nébuliser et durant combien de temps
 +  * Préparation de la prochaine série de test...
 +
 +{{:labase:medecine-autonome:lb_26-05_1a.jpeg?150|}} {{:labase:medecine-autonome:lb_26-05_3a.jpeg?150|}} {{:labase:medecine-autonome:lb_26-05_5a.jpeg?150|}}
 +===== 25 mai =====
 +Présent-e-s : Géro, Erwan, Jeanne, Tangui
 +
 +  * Analyse des résultats du 21-05
 +  * Autoclave et stérélisation
 +  * Coloration de GRAM pour identifier les bactéries des résuktats
 +  * Confection de SHA aloe vera pour effectuer des tests de comparaison avec l’efficacité de la recette SHA de l’OMS. Recette : 30% de gel aloe vera (à partir d’une feuille) + 70% d’alcool à 90° + 3 gouttes d’huiles essentielles de Tea Tree
 +
 +{{:labase:medecine-autonome:2020-05-25_img_8917.jpg?150|}} {{:labase:medecine-autonome:2020-05-25_img_8924.jpg?150|}}
 +{{:labase:medecine-autonome:2020-05-25_img_8925.jpg?150|}} {{:labase:medecine-autonome:2020-05-25_img_8928.jpg?150|}}
 ===== 21 mai ===== ===== 21 mai =====
 Présent-e-s : Géro, Jeanne, Erwan, Françoise, Tangui Présent-e-s : Géro, Jeanne, Erwan, Françoise, Tangui
labase/medecine-autonome/notes-covid.1590251894.txt.gz · Dernière modification: 2020/05/23 18:38 de tangui